تعتبر الرقابة المدنية على القوات المسلحة إحدى الركائز الأساسية لضمان نجاح وترسيخ الانتقال الديموقراطي.  لكن حدوث الرقابة المدنية يقتضي وجود سلطة مدنية منتخبة ديموقراطياً، بالإضافة لخصوصية كل دولة وتجربة لاستكمال عملية السيطرة هذه. كما أن علاقة القوات المسلحة بالسياسة والاقتصاد لا تأخذ شكلاً واحداً. عبر هذا المحور، نسعى للبحث عن التغيرات التي طرأت على القوات المسلحة السودانية منذ نشأتها، وتأثير هذه التغيرات في تفاعل القوات المسلحة مع السياسة والاقتصاد والمجتمع، و كيف يمكن الدفع بهذه العلاقة نحو حكم مدني ديموقراطي . كما أننا نسعى لنرى كيف أثرت هذه الحرب على القوات المسلحة وتركيبتها، و كيف يمكن استكمال عملية التحديث والإصلاح للقوات المسلحة بما يضمن تماسكها، وعدم تفككها. نسعى كذلك للنظر في التعقيدات الأمنية  في الإقليم، و كيف يمكن المزاوجة بين وجود رقابة مدنية ديموقراطية على القوات المسلحة، و بين تمكن القوات المسلحة من الاضطلاع بدورها ومهامها  في حماية البلاد وحدودها من التهديدات الأمنية المحيطة؛ الأمر الذي لا يخلو من سياسة.  كما أننا نأمل أن نجد إجابة لتحديات الأمن القومي التي فرضتها حرب الخامس عشر من أبريل، وكيف ستتشكل رؤية القوات المسلحة حول هذه التحديات